Il Pontificato di Gregorio IX si caratterizzò principalmente per due aspetti: i contrasti con l’Imperatore Federico II e la lotta alle eresie.

Ugolino dei Conti di Segni salì al soglio pontificio nel 1227, assumendo il nome di Gregorio IX: il papa si mostrò subito volitivo, decisionista, ed impose all’Imperatore Federico II di partire per l’Oriente per una nuova Crociata non oltre la fine di quell’anno.
Alla metà agosto Federico era pronto a salpare dal porto di Brindisi.
Nell’immediato entroterra erano accalcati ben 42.000 Crociati, quando ma un’epidemia (almeno cosi sostennero le fonti imperiali) impedì la partenza.
Alla notizia Gregorio IX montò su tutte le furie: si sentì ingannato, non volle riconoscere attenuanti di sorta e scomunicò l’Imperatore.
Federico accusò il colpo e decise di partire l’anno successivo 1228, ma evidentemente le navi salparono senza la benedizione papale.
Iniziava così quella che è passata alla storia come la "Crociata degli Scomunicati".
La Crociata degli Scomunicati è stata l’unica spedizione in Terra Santa conclusa vittoriosamente senza spargimento di sangue: Federico II non aveva alcuna intenzione di impiegare tempo e risorse in una guerra che riteneva inutile per la Cristianità e dannosa per l’Impero. Inoltre, pur avendo spesso dato prova di essere un buon condottiero, non intendeva sprecare vite umane quando non era strettamente necessario. Decise quindi di intavolare trattative con il sultano d’Egitto Malik Al-Kamil: le trattative furono lunghe e difficili, ma alla fine si raggiunse un accordo:
1) Gerusalemme passava sotto l’amministrazione cristiana per la durata di dieci anni;
2) una precisa convenzione consentiva ai Musulmani di accedere ai luoghi di culto.
Naturalmente, una guerra di religione non poteva terminare senza spargimento di sangue, senza vittime, …senza martiri. Il successo di Federico II accentuò anziché ridurre il contenzioso esistente fra Papato ed Impero. Gregorio IX fu assediato da Federico II in Roma, donde fu costretto ad allontanarsi due volte.

Nel 1241, vicino all’Isola del Giglio, le navi pisane catturarono una nave della flotta genovese; in questa erano i vescovi che si stavano recando a Roma per partecipare ad un concilio indetto appositamente per la deposizione dell’imperatore Federico II. Questa cattura fu un episodio che suscitò l’indignazione di Gregorio IX, il quale, in seguito a questo affronto, inflisse un scomunica alla città di Pisa; solo dopo ben sedici anni di trattative il successore di Gregorio IX, papa Alessandro IV, si convinse a revocare la interdizione dai sacramenti, grazie anche al fatto che i Pisani, in segno di penitenza, posero la prima pietra dell’Ospedale, ricovero per i pellegrini, nel giorno della Pentecoste dell’anno 1257.

Ma il papato di Gregorio IX fu segnato, come si diceva, anche dalle lotte contro gli eretici.

Nel 1229 a Tolosa si tenne un Concilio di fondamentale importanza nella storia della Chiesa; nel corso di esso Gregorio IX decretò che gli eretici dovevano essere consegnati al braccio clericale ai fini dell'esecuzione della pena. "E' dovere di ogni cattolico -si legge negli atti del Concilio- perseguitare gli eretici". Anche l'imperatore Federico II, divenne un avvocato dell'ortodossia onde evitare problemi diplomatici con la Chiesa.
La Bolla che formalizzava l'Inquisizione fu emanata da Gregorio IX nell'anno 1232; il Pontefice, considerata l’eccessiva tolleranza del clero di fronte a tali problematiche, riteneva che occorresse una struttura che, istituzionalmente, si occupasse della questione.
I primi inquisitori vennero nominati il 27 Luglio 1233. Da quel momento ogni disobbedienza anche solo del pensiero, era punibile. E per tre secoli non un solo papa si oppose a questo insegnamento, ordine impartito e valevole ovunque si trovassero cristiani. Gli inquisitori domenicani (i maggiori inquisitori) erano soggetti solo al papa, non sottostavano né ai vescovi, né alla legge civile e negli stati pontifici erano accusatori, torturatori, polizia e giudici.
Il libro guida "ufficiale" degli Inquisitori, il "LIBRO NERO", detto anche "IL LIBRO DEI MORTI", recita così:
 

"Se una persona confessa essa è colpevole per la sua confessione,
se non confessa sarà egualmente colpevole sulla base di testimonianze.
Se uno confessa tutto ciò di cui è accusato,
è senza dubbio colpevole di tutto, ma se confessa solo una parte, dovrà comunque essere colpevole di tutto, dato che,
comunque, con la sua confessione,
ha dimostrato di essere colpevole anche del resto delle accuse...
La tortura fisica si è dimostrata il mezzo più efficiente
e salutare per condurre al pentimento spirituale.
La scelta del metodo di tortura viene lasciata al Giudice Inquisitore,
che la stabilirà sulla base dell'età, del sesso,
e della costituzione della parte.
Se, nonostante tutti i mezzi impiegati,
lo sfortunato accusato continua a negare la sua colpa,
egli deve essere considerato vittima del diavolo, e,
quindi, non merita compassione dai servi di Dio,
né pietà o indulgenza dalla Santa Madre Chiesa;
egli è un figlio della perdizione.
Lasciamolo morire tra i dannati.
"

Tra gli atti più importanti del suo pontificato non può essere tralasciata la canonizzazione di S. Antonio da Padova, avvenuta nel 1232, solo un anno dopo la morte del santo, definito da Gregorio IX “Arca del Testamento e martello degli eretici".

Fece comporre una collezione di "Decretali", parte importantissima del diritto canonico.
Morì nel 1241.




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